A Subsecretaria de Coordenação das Unidades de Pesquisa – SCUP tem por finalidade propor, coordenar e acompanhar a execução de programas e projetos a cargo das unidades de pesquisa, visando ao fortalecimento da pesquisa científica e tecnológica brasileira, como também promover, supervisionar e avaliar os Contratos de Gestão firmados entre a União e entidades qualificadas como Organizações Sociais, para a execução direta ou indireta, de programas e projetos de pesquisa científica e tecnológica, prestação de serviços tecnológicos e assessoria técnica ao Ministério.

A sua estrutura organizacional é composta pelas seguintes Coordenações-Gerais: